Procesiona 3ª domingo de mayo
Como en tantos lugares de España, es a mediados de los años 50 y fomentadas desde las Hermandades de Labradores y Ganaderos, cuando surgen las primeras Cofradías y fiestas en honor de San Isidro Labrador.
En Badajoz, durante esos años, una comisión de agricultores y ganaderos se encargan de las gestiones pertinentes. Y, así, después de desechar por diversos motivos unos terrenos en el cerro “Cansaburros” – Los Montitos – y en el Corazón de Jesús – La Corchuela- ambas del Término Municipal de Badajoz, finalmente acabaron aceptando la donación de una finca en Tres Arroyos, propiedad de D. Juan Martín de Saavedra. Finca situada en el margen izquierda de la Carretera de Corte de Peleas, a unos 4 kilómetros del casco urbano.
El 15 de mayo de 1955 se colocaría la primera piedra y en los primeros meses de 1956, se aprueban los primeros Estatutos de la Cofradía, por parte de S.E. Rvma. Dr. D. José María Alcaraz Alenda, Obispo de Badajoz, en el inicio de las obras, la constitución canónica de la Hermandad y la adquisición del estandarte. Poco tiempo después, se constituiría la primera junta de Gobierno.
El 1956 tenía lugar en la Ermita, la primera romería de su historia. En un contexto de exaltación patriótica y religiosa, asistieron las más altas jerarquías de la ciudad, con el Obispo, Alcalde y gobernadores, civil y militar de la época al frente. La Ermita, construida por el arquitecto D. Eduardo Escudero, fue inaugurada por el Obispo coadjutor, D. Eugenio Beitia, figurando en el altar principal una hermosa talla en madera de San Isidro Labrador, obra de D. Juan de Ávalos, imagen que en la actualidad puede contemplarse en una hornacina del pequeño presbiterio. Una vez extinguida la Hermandad de Labradores y Ganaderos y posteriormente las Cámaras Agrarias, el 21 de noviembre de 1998, se decide la renovación de unos nuevos estatutos.
El 12 de noviembre de 2008 y por Decreto del Sr. Arzobispo de la Archidiócesis D. Santiago García Aracil, y con número de protocolo 639/2008, fueron aprobados los actuales estatutos de la Cofradía. La Ermita depende canónicamente de la Parroquia de San Pedro de Alcántara, Durante el mes de mayo de 2006 se celebró el 50 aniversario de la creación de la Cofradía con múltiples actos. Las insignias de la Hermandad es cordón verde con medalla de la imagen de San Isidro y escudo de la Ciudad en el anverso y con la inscripción “Cofradía de San Isidro Labrador de Badajoz” en el reverso,
En este tiempo se vienen realizando mejoras en el edificio de la Ermita, edificios anexos, cerramiento perimetral, así como en el año 2006 se dota de luz eléctrica y pozo de agua, todo ello a cargo de los Hermanos Cofrades, participando en todos los actos a celebrar durante la Romería. La Hermandad pertenece a la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Badajoz.